A ces début en tant que ninja, Orochimaru eut pour Seisei Sarutobi le Yondaime. Il faisait partie de l'équipe composée de Jiraya, Tsunade et de lui-même. Ensemble, ils formaient le trio légendaire des Sannin. Il en était le plus prometteur. IL pensait que grâce à ses prédispositions il serait nommé au titre d'Hokage et succéderait ainsi à son Seisei Sarutobi. Sarutobi, lui-même avait alors dit que son génie serait un atout pour Konoha et que le talent qu'il avait été un talent comme il n'en apparaissait que quelques-uns par siècles. Sandaime Sarutobi voulait depuis très longtemps d'ailleurs qu'Orochimaru lui succède en tant que Hokage, mais voyait en lui son ambition et son désir malsain de puissance, il nomma quelqu'un d'autre à sa place. Il était peut-être même le ninja le plus puissant de Konoha. Hélas, Sarutobi se redit compte de la face noire de son élève. Orochimaru abandonna le village, mais qu'importe, Sarutobi avait découvert les recherches de Kinjutsu auxquelles Orochimaru s'adonnait. L'Hokage ne voulait plus de lui dans le village. Orochimaru créera le village du son, plus connut sous le nom d'Oto. Des aux chefs du pays vont approcher Orochimaru pour lui demander de créer le village. Il a surement voulut créer ce village pour devenir Kage et ainsi avoir une sorte de vengeance sur son passé, mais aussi pour se servir de ce village comme une arme pour se venger de Konoha. Dans Oto, les ninjas qui font partis de ce village sont pour la plupart des rencontres faites lors des voyages d'Orochimaru. Comme Kimimaro Kaguya. Les ninjas d'Oto lui vouent une totale dévotion, car il les a pour la plupart arracher à des situations tragiques, ou il leurs a tendu la main. Mais pour Orochimaru, ils ne semblent qu'être des pions utiles pour ces plans. Le seul ninja avec lequel il semble avoir un attachement particulier est Kabuto. . Il a aussi entraîné le quartet d'Oto qui était constitué de: Kidômaru, Jirôbô, Sakon| et Tayuya qui furent sous les ordres de Kimimaro. Ce dernier avait été choisit pour être le réceptacle qui devait accueillir l'âme d'Orochimaru, mais cela n'a pû se faire à cause d'une maladie incurable. Le quartet d'Oto constituait la garde rapprochée d'Orochimaru et était spécialisé dans les techniques de sceau et de jutsus défensifs.Orochimaru ayant maintenant son village, pourra
consacrer son temps à échafauder des plans pour attaquer Konoha. Orochimaru et Oto s'allieront alors au Kazekage et à Suna. C'est le village des sables qui est officiellement l'allié de Konoha. Orochimaru, espère pouvoir utiliser un ninja de ce pays: Gaara pour semer le chaos et le trouble en Konoha. Il veut plus que jamais mettre la main sur Sasuke et son fameux Sharingan. Il l'approchera alors lors de l'examen de sélection des chunins quand il sera dans la forêt de la mort. Il lui apposera alors un sceau dans le cou de Sasuke pour l'aider à augmenter son pouvoir. Il apposera aussi un sceau à Naruto pour l'empêcher d'utiliser le chakra de Kyubi, le démon renard à neuf queues. Orochimaru enverra ensuite des ninja d'Oto pour tester Sasuke. Celui-ci inconscient sera alors protéger par Sakura, mais pendant très peut de temps. Arrive alors Ino, Choji et Shikamaru qui eux non plus ne résisterons pas longtemps. Sasuke se réveillera alors et les mettra K.O . Durant les combats préliminaires de la troisième épreuve, Orochimaru tentera alors d'approcher Sasuke, mais Kakashi était là et il apposa un sceau par-dessus celui d'Orochimaru pour empêcher le sceau de ce dernier de fonctionner. Il réapparaitra lorsqu'il voudra affronter son ancien collègue: Sasori. Trompé par Yamato, il affronte Naruto qui se transforme en Kyubi à 4 queues avant de repartir avec Sai. Sai lui fait reprendre l'espoir de reprendre la guerre contre Konoha en lui apportant des informations primordiales sur les forces spéciales du village et sur la garde rapprochée de l'Hokage. Il ui propose également une alliance avec Danzou, mais Orochimaru étant lui-même un maître en tromperie sent le piège arriver. Après la disparition de Kabuto, il découvre Sai avec Naruto et tente de leur faire peur, mais plutôt que de chercher l'affrontement il demande à Naruto d'éliminer d'autres membres de l'Akatsuki avant de disparaître. Il réalise ensuite qu'ils en voulaient à Sasuke et après avoir sauvé Kabuto, ils rejoignent le jeune homme pour disparaître avec lui et se rendre à une autre de leurs cachettes.. Bien que battu par Sasuke, Orochimaru n'estpas complètement mort, mais emprisonné dans le corps de Sasuke, piégé dans la propre dimension qu'il avait créé pour réaliser les transferts de sonesprit vers de nouveaux corps. Son pouvoir s'est révélé inefficace face au Sharingan de Sasuke, qui garde donc le contrôle de son propre corps. Il estaussi en Kabuto et contrôle une partie de son corps